Правильно ли я понимаю, что вам нужно, вне зависимости от наличия данных показывать все возможные столбцы и строки в запросе? Если так, то попробуйте такой
TRANSFORM Count(r.id) AS [Count-id]
SELECT t.Подразделение, Count(r.id) AS [Итоговое значение id]
From
(SELECT Подразделение.Подразделение, Этап.Этап
FROM Подразделение, Этап
group by Подразделение.Подразделение, Этап.Этап ) t,
(select * from ЗГлавный WHERE ЗГлавный.[Дата первых переговоров по сделке] Between Date()-7 And Date()) r,
t Left join r on t.Подразделение=r.Подразделение And t.Этап=r.Этап
GROUP BY t.Подразделение
PIVOT t.Этап;
Кстати, если число, 7 в вашем случае не константа, а переменная, то лучше воспользоваться предложением Parameters в запросе.