Проблема решилась.
Просто убрал ключик -r (Rock Ridge extensions) из опций mkisofs и образ получился замечательно-загрузочный.
Сравнив вывод mkisofs (ключик -v) я было подумал, что причина в следующих цифрах.
| без RR | RR |
Directory tree Block(s) | 185 | 492 |
Joliet directory tree Start Block | 215 | 522 |
Directory tree cleanup Start Block | 437 | 744 |
The File(s) Start Block | 437 | 745 |
Extension record Start Block | | 744 |
Extension record Block(s) | | 1 |
Но, создав вместо фейк файлов столько же директорий, получил гораздо большие цифры (больше тысячи во всех строках).
Так что в чем точно причина - для меня загадка.