Гениально! А почему бы не три числа? Да чего там, сразу жать файл до одного байта

Пиши подробнее, может и можно чем-то помочь. Например два двухбайтовых (short) значения можно поместить в 4-хбайтовое (int) и извлечь обратно. Два int в один и обратно - никак.