вопрос в том, как Вы вставляете текст в блокнот. Если вставлять "мой \r\n текст", то ясен болт будем видеть символы переноса. А вот если программно писать, например:
string str = "Мой " + Environment.NewLine + "текст";
StreamWriter sw = new StreamWriter("C:\\qwe.txt");
sw.Write(str);
sw.Close();
то всё гуд.