к сожалению под рукой нет сейчас eToken-а чтобы проверить, но есть мнение, что надо пробежаться по коллекции типа
new System.Security.Cryptography.X509Certificates.X509Store(
System.Security.Cryptography.X509Certificates.StoreLocation.CurrentUser)
.Certificates
поскольку IssuerName и, видимо, еще какие-то поля известны, я думаю, что найти нужный не составит труда.